Op de plaats van het voormalige arresthuis start op 10 maart 2010 een archeologische opgraving. Uit een testput was al gebleken dat de ondergrond er vol zit met sporen van middeleeuws Mechelen. Het onderzoek wordt uitgevoerd door een team van het Vlaams Instituut voor het Onroerend Erfgoed (VIOE) www.vioe.be.
 
De site ligt net binnen de stadsomwalling van de twaalfde eeuw. Op oude kaarten is op die plaats een doodlopend straatje te zien, met aan beide kanten huisjes. Door de bouw van de museumkelder is het mogelijk dat de resten van de oude woningen vernietigd worden. Zonder voorafgaand archeologisch onderzoek zou die informatie over de geschiedenis van Mechelen voor altijd verloren gaan.
 
Een vooronderzoek bevestigde inmiddels de vermoedens van de archeologen. Bij het graven van een smalle testput stootten de onderzoekers onder meer op een oude beerput. Voor archeologen zijn beerputten interessant. Ze bevatten immers heel wat resten die informatie kunnen bieden over de eet- en leefgewoonten in middeleeuws Mechelen. Het vooronderzoek wees ook uit dat de oudste sporen zeker tot twee meter onder het huidige loopniveau liggen.
 
Omdat er onmiskenbaar archeologische resten aanwezig zijn, zal het volledige terrein opgegraven worden. In een eerste fase gaat men de bovenste, verstoorde laag verwijderen, tot op het niveau waar de eerste archeologische sporen aan het licht komen. Dat eerste niveau zal volledig worden ingetekend en gefotografeerd. Daarna zal het vlak verder verdiept worden, deels handmatig, deels machinaal, tot de natuurlijke bodem (zonder sporen) is bereikt.
 
Met het onderzoek hopen de archeologen meer informatie te krijgen over de bewoning en het gebruik van het terrein in de loop van de tijd. Het einde van de opgraving is gepland voor eind juli 2010. In de drie daaropvolgende maanden worden de gegevens verwerkt, waarna ze gepubliceerd kunnen worden.
Na afloop van de opgraving wordt gestart met de nieuwbouw van het nieuwe museum, dat in de zomer van 2012 de deuren moet openen voor het publiek.